Vaccini personalizzati contro il cancro, parte 2: il tessuto di cui hai bisogno -- e perché assicurartelo per tempo

In breve: Questo è il seguito del mio articolo principale sui vaccini personalizzati contro il cancro . Quello parlava di quale vaccino potesse adattarsi alla mia biologia. Questo parla di una cosa molto più elementare, che ha quasi rischiato di fermarmi prima ancora che la biologia contasse: il tessuto. Un vaccino personalizzato può richiedere molto più materiale tumorale del test che ti ha diagnosticato per la prima volta – spesso fresco congelato, non in paraffina – e se il trattamento funziona bene, potrebbe non restare nulla da biopsiare quando finalmente ne hai bisogno. Scrivo questo perché avrei voluto che qualcuno me lo dicesse alla prima biopsia. Forse arriva a te prima della tua.

Cosa mi è successo

Il mio tessuto tumorale è stato prelevato una sola volta, alla diagnosi, con una biopsia con ago – due piccole carote. È bastato per diagnosticare il cancro e per far girare un ampio pannello molecolare. Sembrava tanto.

Mesi dopo, mentre inseguivo un vaccino personalizzato, ho chiesto al laboratorio che custodisce i miei blocchetti di paraffina di misurare quanto fosse davvero rimasto. La risposta, dall’anatomopatologo che ha messo i blocchetti al microscopio: meno di un millimetro di tessuto per blocchetto – una stima di tre-cinque sezioni sottili ciascuno. Non abbastanza per ciò di cui ha bisogno un centro vaccinale. Il modo più sicuro per ottenerne di più, ha scritto, sarebbe rifare la biopsia.

Solo che non posso rifare la biopsia. Il mio trattamento ha funzionato così bene che non è rimasto nessun tumore che sia sicuro o sensato campionare – niente di abbastanza grande, abbastanza attivo o abbastanza raggiungibile per un ago. La cosa che rende la mia situazione piena di speranza è la stessa che ha chiuso la porta al tessuto nuovo.

Ecco la trappola in una frase: il tessuto che puoi ottenere presto potrebbe essere l’unico tessuto che otterrai mai.

Perché un vaccino ha bisogno di molto più tessuto di una diagnosi

Un pannello diagnostico di routine è efficiente. Legge in profondità un elenco definito di geni del cancro, a partire da una quantità minima di materiale. È per questo che una piccola biopsia di solito “basta”.

Un vaccino personalizzato (a neoantigeni) pone una domanda più grande – che cosa fa apparire il mio tumore diverso da ogni cellula sana del mio corpo? – e rispondere può richiedere molto di più:

• Il sequenziamento completo dell’esoma (tutti i geni che codificano proteine, non un breve elenco), per trovare le mutazioni del tumore.
• Spesso, in aggiunta, il sequenziamento completo del trascrittoma (RNA), per vedere quali di quelle mutazioni sono davvero attive – e per intercettare le fusioni geniche, che è esattamente dove si trova il mio bersaglio.
• E diversi centri preferiscono nettamente il tessuto fresco congelato rispetto a quello incluso in paraffina, perché il tessuto congelato conserva DNA e RNA di qualità più alta. La paraffina (la forma d’archivio standard) va bene per molti test, ma degrada il materiale, e alcune filiere di produzione dei vaccini non la accettano – oppure ne richiedono di più per compensare.

Quindi proprio l’analisi che progetta il vaccino è il passaggio più affamato di tessuto di tutto il percorso, e spesso arriva per ultimo – molto dopo la biopsia, quando il materiale è già stato impegnato.

Non tutti i vaccini richiedono la stessa quantità – questa è la tua leva

Ecco la parte utile, quella che ti dà opzioni anche quando il tessuto è poco. Piattaforme vaccinali diverse richiedono quantità molto diverse di tessuto, perché ottengono i loro due ingredienti – le cellule immunitarie e il bersaglio – da posti diversi:

• Le cellule. Alcuni vaccini (i vaccini a cellule dendritiche) fanno crescere le cellule immunitarie dal tuo sangue, con un semplice prelievo di sangue o un’aferesi. Per questa parte, nessun tessuto tumorale.
• Il bersaglio. Se le mutazioni del tumore sono già note – da un sequenziamento che hai già – alcuni centri possono costruire il vaccino da peptidi definiti (brevi frammenti corrispondenti a quelle mutazioni), sintetizzati chimicamente. Anche qui, per questa parte non serve tessuto fresco.

Mettendo insieme queste due cose ottieni una distinzione reale:

• I centri che eseguono il proprio sequenziamento completo di esoma + trascrittoma a partire dal tuo tessuto hanno bisogno della maggior quantità di materiale – e se ne hai poco, potrebbero essere fuori portata.
• I centri che costruiscono peptidi definiti a partire da dati che possiedi già, con cellule dal tuo sangue, hanno bisogno di poco o nessun tessuto nuovo – e possono restare praticabili anche quando il blocchetto è quasi vuoto.

Sapere di quale tipo è un centro prima di impegnare del denaro è una delle domande più importanti che puoi porre.

Cosa chiederei alla prima biopsia, se potessi rifarlo

Niente di tutto questo richiede che tu abbia già deciso per un vaccino. Serve solo a tenere la porta aperta, a basso costo, nell’unico momento in cui è aperta:

1. Chiedi carote aggiuntive. Uno o due prelievi in più, quando l’ago è già lì e il tumore è attivo, sono tutta la partita. È molto più facile di una seconda procedura in seguito.
2. Chiedi se una porzione può essere conservata fresca congelata, non solo fissata in paraffina. Va organizzato prima della procedura – non si può fare dopo.
3. Chiedi che il blocchetto diagnostico non venga consumato del tutto dal primo test – che una parte di tumore sia conservata per dopo.
4. Chiedi un inventario scritto dopo ogni test: quante sezioni rimangono e quale percentuale è ancora tumore. “Il tessuto è buono” e “è rimasto abbastanza tessuto” sono due frasi diverse, e l’ho imparato a mie spese.
5. Se il tuo cancro è guidato da una fusione, chiedi la giunzione esatta (gli esoni e le coordinate), non solo i nomi dei due geni – di solito i dati esistono già negli archivi del laboratorio.

C’è una versione più completa e più pacata di questa checklist nella nostra guida di accompagnamento, Conservare il tessuto tumorale – leggila prima di una biopsia, se puoi.

Se sei già oltre quel punto

Anch’io lo sono. Non è la fine della strada, la restringe soltanto:

• Usa i dati che hai già. Il referto molecolare della tua diagnosi contiene già gran parte di ciò di cui ha bisogno un vaccino a peptidi definiti. Potresti non aver bisogno di alcun nuovo sequenziamento – solo di un centro disposto a lavorare a partire da esso.
• Prediligi le piattaforme sangue-e-peptidi rispetto a quelle affamate di tessuto. Di’ a ogni centro che il tuo tessuto è limitato e chiedi, senza giri di parole, se possono progettare a partire da dati esistenti con cellule dal tuo sangue.
• Metti da parte alla prossima occasione. Se la malattia dovesse progredire e comparisse una nuova lesione biopsiabile, quello è il momento di prelevare con generosità – incluso il fresco congelato – perché potrebbe non ripresentarsi.
• Non pagare troppo per un vicolo cieco. Chiedi, per iscritto, cosa succede ai tuoi soldi e ai tuoi dati se il tessuto limitato si rivela inutilizzabile, prima di trasferire qualsiasi cosa.

Perché lo pubblico

Ho una strategia chiara e nessuna garanzia, e ho passato settimane ad aggirare un limite che una sola frase alla mia prima biopsia avrebbe evitato. Il tessuto una volta c’era. Nessuno mi ha detto di conservarne di più, e quando ho capito perché contava, il tumore che avrei campionato non c’era più.

Se sei più all’inizio di me – se una biopsia è ancora davanti a te, o il tumore è ancora lì da campionare – ti prego, chiedi più del minimo. Adesso non costa quasi nulla e più avanti può valere tutto.