Vaccins personnalisés contre le cancer, partie 2 : le tissu dont vous avez besoin -- et pourquoi le sécuriser tôt

En bref : Ceci fait suite à mon article principal sur les vaccins personnalisés contre le cancer . Celui-là portait sur quel vaccin pourrait convenir à ma biologie. Celui-ci porte sur une chose bien plus élémentaire, qui a failli m’arrêter avant même que la biologie ne compte : le tissu. Un vaccin personnalisé peut nécessiter bien plus de matériel tumoral que le test qui t’a diagnostiqué au départ – souvent frais congelé, pas de la paraffine – et si ton traitement fonctionne bien, il se peut qu’il ne reste rien à biopsier au moment où tu en as enfin besoin. J’écris ceci parce que j’aurais voulu qu’on me le dise dès la première biopsie. Peut-être que cela te parviendra avant la tienne.

Ce qui m’est arrivé

Mon tissu tumoral a été prélevé une seule fois, au diagnostic, par une biopsie au trocart – deux petites carottes. Cela a suffi à diagnostiquer le cancer et à faire tourner un large panel moléculaire. Cela semblait amplement suffisant.

Des mois plus tard, à la poursuite d’un vaccin personnalisé, j’ai demandé au laboratoire qui détient mes blocs de paraffine de mesurer ce qu’il restait réellement. La réponse, de l’anatomopathologiste qui a placé les blocs sous un microscope : moins d’un millimètre de tissu par bloc – soit une estimation de trois à cinq fines coupes chacun. Pas assez pour ce dont un centre de vaccins a besoin. Le moyen le plus sûr d’en obtenir davantage, a-t-il écrit, serait de refaire une biopsie.

Sauf que je ne peux pas refaire de biopsie. Mon traitement a si bien fonctionné qu’il n’y a plus aucune tumeur qu’il soit sûr ou raisonnable de prélever – rien d’assez volumineux, d’assez actif ou d’assez accessible pour une aiguille. Ce qui rend ma situation porteuse d’espoir est exactement ce qui a fermé la porte à un nouveau tissu.

Voilà le piège en une phrase : le tissu que tu peux obtenir tôt est peut-être le seul tissu que tu obtiendras jamais.

Pourquoi un vaccin a besoin de bien plus de tissu qu’un diagnostic

Un panel diagnostique de routine est efficace. Il lit une liste définie de gènes du cancer, en profondeur, à partir d’une infime quantité de matériel. C’est pourquoi une petite biopsie “suffit” en général.

Un vaccin personnalisé (à néoantigènes) pose une question plus vaste – qu’est-ce qui fait que ma tumeur a l’air différente de chaque cellule saine de mon corps ? – et y répondre peut demander bien davantage :

• Le séquençage complet de l’exome (tous les gènes codant des protéines, pas une courte liste), pour trouver les mutations de la tumeur.
• Souvent, le séquençage complet du transcriptome (ARN) par-dessus, pour voir lesquelles de ces mutations sont réellement activées – et pour repérer les fusions géniques, c’est-à-dire exactement là où se trouve ma propre cible.
• Et plusieurs centres préfèrent nettement le tissu frais congelé plutôt qu’inclus en paraffine, parce que le tissu congelé préserve un ADN et un ARN de meilleure qualité. La paraffine (la forme d’archivage standard) convient à de nombreux tests, mais elle dégrade le matériel, et certaines chaînes de fabrication de vaccins ne l’acceptent pas – ou en exigent davantage pour compenser.

Ainsi, l’analyse même qui conçoit le vaccin est l’étape la plus gourmande en tissu de tout le parcours, et elle vient souvent en dernier – longtemps après la biopsie, quand le matériel est déjà réservé.

Tous les vaccins n’ont pas besoin de la même quantité – c’est ton levier

Voici la partie utile, celle qui te donne des options même quand le tissu est rare. Les différentes plateformes de vaccins ont besoin de quantités de tissu très différentes, parce qu’elles tirent leurs deux ingrédients – les cellules immunitaires et la cible – de sources différentes :

• Les cellules. Certains vaccins (les vaccins à cellules dendritiques) font croître les cellules immunitaires à partir de ton sang, par une simple prise de sang ou une aphérèse. Aucun tissu tumoral pour cette partie.
• La cible. Si les mutations de la tumeur sont déjà connues – grâce à un séquençage que tu possèdes déjà – certains centres peuvent construire le vaccin à partir de peptides définis (de courts fragments correspondant à ces mutations), synthétisés chimiquement. Là encore, aucun tissu frais nécessaire pour cette partie.

Mets les deux ensemble et tu obtiens une vraie distinction :

• Les centres qui font leur propre séquençage complet de l’exome + du transcriptome à partir de ton tissu ont besoin du plus de matériel – et si tu en manques, ils peuvent être hors de portée.
• Les centres qui construisent des peptides définis à partir de données que tu détiens déjà, avec des cellules de ton sang, ont besoin de peu ou pas de nouveau tissu – et peuvent rester ouverts même quand le bloc est presque vide.

Savoir de quel type est un centre avant d’engager de l’argent est l’une des questions les plus importantes que tu puisses poser.

Ce que je demanderais à la première biopsie, si c’était à refaire

Rien de tout cela n’exige que tu aies décidé de faire un vaccin. Cela garde simplement la porte ouverte, à peu de frais, au seul moment où elle est ouverte :

1. Demande des carottes supplémentaires. Un ou deux passages de plus, quand l’aiguille est déjà en place et que la tumeur est active, c’est tout l’enjeu. C’est bien plus facile qu’une seconde intervention plus tard.
2. Demande si une partie peut être conservée fraîche congelée, et pas seulement fixée en paraffine. Cela doit être organisé avant l’intervention – ça ne peut pas se faire après coup.
3. Demande que le bloc diagnostique ne soit pas entièrement consommé par le premier test – qu’une partie de la tumeur soit conservée pour plus tard.
4. Demande un inventaire écrit après chaque test : combien de coupes il reste, et quel pourcentage est encore de la tumeur. “Le tissu est bon” et “il reste assez de tissu” sont deux phrases différentes, et je l’ai appris à mes dépens.
5. Si ton cancer est conduit par une fusion, demande la jonction exacte (les exons et les coordonnées), pas seulement le nom des deux gènes – d’habitude les données existent déjà dans les fichiers du laboratoire.

Il existe une version plus complète et plus posée de cette liste dans notre guide complémentaire, Conserver votre tissu tumoral – lis-le avant une biopsie si tu le peux.

Si tu as déjà dépassé ce stade

Moi aussi. Ce n’est pas la fin du chemin, cela le rétrécit seulement :

• Utilise les données que tu possèdes déjà. Le rapport moléculaire de ton diagnostic contient déjà l’essentiel de ce dont un vaccin à peptides définis a besoin. Tu n’as peut-être pas besoin d’un nouveau séquençage du tout – seulement d’un centre disposé à travailler à partir de lui.
• Privilégie les plateformes sang-et-peptide plutôt que celles qui sont gourmandes en tissu. Dis à chaque centre que ton tissu est limité et demande, sans détour, s’ils peuvent concevoir à partir de données existantes avec des cellules de ton sang.
• Mets de côté la prochaine occasion. Si la maladie progresse un jour et qu’une nouvelle lésion biopsiable apparaît, c’est le moment de prélever généreusement – y compris en frais congelé – car elle pourrait ne pas se représenter.
• Ne paie pas trop cher pour une impasse. Demande, par écrit, ce qu’il advient de ton argent et de tes données si le tissu limité se révèle inutilisable, avant de transférer quoi que ce soit.

Pourquoi je publie ceci

J’ai une stratégie claire et aucune garantie, et j’ai passé des semaines à contourner une limite qu’une seule phrase, à ma première biopsie, aurait évitée. Le tissu était là, une fois. Personne ne m’a dit d’en garder davantage, et le temps que je comprenne pourquoi cela comptait, la tumeur que j’aurais prélevée avait disparu.

Si tu es plus tôt que moi dans ce parcours – si une biopsie est encore devant toi, ou si la tumeur est encore là à prélever – demande, s’il te plaît, plus que le minimum. Cela ne coûte presque rien maintenant et cela peut valoir tout plus tard.