Impasses sur tous les fronts : le vaccin arrêté, un refus sans explication et ce que je cherche maintenant

En bref : Cet article est moins un guide qu’un journal. Ces dernières semaines, j’ai reçu une mauvaise nouvelle après l’autre : le vaccin personnalisé que je poursuivais ne peut pas continuer, parce qu’il ne reste pas assez de tissu de ma biopsie. J’ai postulé, par l’intermédiaire de l’association, à un programme de recherche et j’ai été refusé en deux phrases, sans aucune explication. Et un simple message adressé à d’autres patients n’a passé la modération d’aucun groupe. Je vous raconte ce qui s’est passé, ce que je cherche maintenant et où en est le registre RET Together.

Le vaccin : il s’est arrêté exactement là où je le craignais

Si vous avez lu la deuxième partie sur les vaccins personnalisés , vous savez déjà ce qui me faisait peur. Mon tissu tumoral n’a été prélevé qu’une seule fois, au diagnostic, sous forme de deux petites carottes. Et le traitement a si bien fonctionné qu’il n’existe plus de tumeur que l’on puisse biopsier sans risque.

J’ai tout de même envoyé ce que j’avais au laboratoire en Allemagne qui devait réaliser l’analyse de la tumeur pour le vaccin. La réponse est arrivée il y a quelques jours : l’analyse de la tumeur n’a pas pu être menée à terme. Le matériel restant dans les blocs n’était pas suffisant.

Je savais, sur le papier, que cela pouvait arriver. Recevoir la nouvelle, c’est autre chose. Des mois de recherches, de lettres, de demandes de données et de rendez-vous se sont arrêtés sur une seule ligne de rapport. Et je ne peux pas m’empêcher de penser qu’à la première biopsie, un seul passage de plus de l’aiguille aurait tout changé.

Ce que je cherche maintenant : la meilleure option suivante

Je n’ai pas abandonné. Simplement, le chemin s’est rétréci.

Officiellement, je n’ai pas grand-chose. Le rapport clinique du test moléculaire fait au diagnostic indique seulement quels sont les deux gènes qui se sont soudés – KIF5B et RET. Il ne dit pas où exactement ils se soudent, et pour un vaccin, c’est justement ce qui compte.

Comment j’ai tout de même fini par avoir une séquence

J’ai eu une idée : j’ai demandé au laboratoire qui avait fait mon séquençage (NGS) au diagnostic, Genekor, les données brutes – les fichiers que produit le séquenceur, et pas seulement le rapport de quelques pages qui arrive chez le médecin. Je les ai reçues.

Elles contenaient beaucoup plus d’informations que le rapport. La plus précieuse : la jonction exacte, c’est-à-dire l’endroit précis où les deux gènes s’unissent, lue directement dans les fragments d’ADN de ma tumeur. À partir de la jonction, on peut déduire la séquence de protéine qui n’existe nulle part dans le corps sain – la cible idéale pour un vaccin.

Je n’ai rien fait de magique. Les données brutes peuvent être analysées sur ordinateur avec les mêmes types de programmes qu’utilisent les grands laboratoires et les entreprises qui fabriquent officiellement des vaccins personnalisés : alignement sur le génome de référence, détection des fusions, prédiction des fragments de protéine. La seule différence, c’est que cette fois, l’analyse part des données que j’ai déjà, et non d’un tissu qui n’existe plus.

J’ai fait la même demande au laboratoire en Allemagne, pour les tests réalisés là-bas. J’attends les données.

Pourquoi une séquence n’est pas, encore, un vaccin

Ici, je dois être honnête : avoir la séquence n’est que la première étape. Un vaccin peptidique ne fonctionne que si les fragments de protéine peuvent être “présentés” au système immunitaire par les molécules HLA – une sorte d’empreinte immunitaire, différente d’une personne à l’autre. C’est pourquoi j’ai fait faire mon typage HLA, pour savoir exactement quelles molécules j’ai.

Vient ensuite la partie la plus difficile : la liaison (binding). Même si le peptide est parfaitement fabriqué, il se peut qu’il ne se lie pas assez bien à mes molécules HLA, ou que le système immunitaire n’y réagisse pas. Les programmes de prédiction donnent une estimation, pas une garantie. Chez moi, les estimations pour un type de molécules sont ressorties faibles, alors je regarde maintenant des peptides plus longs, qui s’adressent aux cellules auxiliaires du système immunitaire. C’est un autre défi, pour lequel je cherche maintenant une solution. Et ainsi de suite, pas à pas.

Qui pourrait le construire

La question a donc changé. Je ne cherche plus “le meilleur vaccin”, mais un centre disposé à construire un vaccin à partir d’une séquence que j’ai déjà, sans faire sa propre analyse à partir d’un tissu qui n’existe plus. J’ai écrit à plusieurs centres, en Europe et hors d’Europe. Certains ont répondu vite, d’autres pas du tout. Rien n’est encore sûr.

C’est une option plus étroite que celle du départ, et je le dis ouvertement : cela pourrait ne pas aboutir. Mais c’est ce qui peut être fait maintenant, dans ma situation. Quand il y aura quelque chose de concret, je l’écrirai ici.

Le programme pour la recherche : refusé en deux phrases

Pour ce travail – littérature scientifique, essais cliniques, données moléculaires, le registre – j’utilise des outils d’intelligence artificielle. Ils m’ont aidé à arriver à beaucoup des choses que vous avez lues sur ce blog. Alors, par l’intermédiaire de l’Association OncoGuide, j’ai postulé à un programme d’Anthropic, l’entreprise qui développe l’assistant Claude. Le programme s’adresse aux organisations de la recherche en sciences de la vie, il est en phase bêta, et l’accès est accordé après vérification.

On nous a posé trois questions : à quoi nous utiliserions l’outil, s’il est destiné à un usage interne ou à des clients, et combien de personnes l’utiliseraient. J’ai répondu ouvertement à toutes : une recherche menée par des patients sur les cancers à fusion RET, usage strictement interne, une personne au début et éventuellement un ou deux collaborateurs. Et j’ai écrit explicitement que l’outil ne serait jamais utilisé pour poser des diagnostics ni pour décider de traitements.

La réponse, quelques jours plus tard, tenait en deux phrases : notre organisation “n’est pas actuellement éligible”, et l’accès s’élargira avec le temps. Sans critères, sans raison, sans moyen de contester ou de compléter quoi que ce soit.

Je comprends qu’une entreprise ait le droit de choisir à qui elle donne accès à un programme en bêta. Ce n’est pas cela qui me fait mal. Ce qui me fait mal, c’est de répondre à chaque question de bonne foi et de recevoir en retour une porte fermée, sans même savoir ce qui aurait dû être différent. Pour un patient atteint d’un cancer rare, le temps n’est pas une ressource abstraite. “Plus tard” peut vouloir dire “trop tard”.

Un simple message qui n’a pas passé la modération

Le registre RET Together a besoin, avant toute chose, de patients qui apprennent qu’il existe. J’ai donc essayé la chose la plus simple possible : un court message, dans les groupes Facebook de patients atteints de cancer, qui disait ce que nous voulons faire et comment nous contacter.

Aucun n’a passé la modération. Aucune explication qui tienne. Je comprends que les modérateurs se protègent du spam et des gens qui vendent des traitements miracles – c’est un travail difficile et nécessaire. Seulement, cette fois, le filtre a arrêté précisément un message d’un patient pour d’autres patients.

RET Together : les documents sont prêts pour la relecture

Là, au moins, j’ai une bonne nouvelle. Les documents de base du registre sont prêts pour la relecture : le formulaire d’inscription, le formulaire de consentement, la politique de confidentialité et l’ensemble minimal de données que nous collecterions. Ils sont déjà passés par plusieurs cycles de vérification interne, et c’est maintenant au tour de la relecture du registre.

Dans les semaines qui viennent, je les publierai ici sur le site, pour que chacun puisse les lire et les contester avant qu’une seule donnée ne soit collectée. Le principe reste celui de l’article de lancement : nous construisons en public, et rien n’est collecté tant que tout n’a pas été vérifié.

Une observation, rien de plus

Mise bout à bout, la liste ressemble à peu près à ceci : le tissu qui n’existe plus, un programme qui n’explique pas, des groupes qui ne laissent pas passer le message. Chaque élément, pris séparément, a une explication raisonnable. Ensemble, ils disent quelque chose de ce à quoi ressemble la vie d’un patient atteint de cancer : non seulement le soutien est maigre, mais partout surgit un obstacle.

Je n’écris pas ceci pour demander quelque chose, ni pour lancer un combat. Honnêtement, je ne crois pas avoir l’énergie en ce moment de mener chacune de ces batailles. C’est seulement une observation. Si vous vous y reconnaissez, sachez que vous n’êtes pas seuls.